化學治療藥物尤其是烷基化藥物會引起一般人精子受傷而無法生育，所以治療前都會將精子儲存起來以利將來生育，問題是12歲以前的兒童生殖器官尚未成熟還是一個問題。目前已知兒童癌症使用烷基化藥物的療效很好，有50%的病患不會影響生育，但是另外50%可能會損害生育功能，等到成年後可能會因為少精症或無精症產生不孕。以前研究指出烷基化藥物累積少於4000 mg/m²對於精子不會有損害，但是最近美國St. Jude兒童研究醫院Green醫師所做的研究報告發現即使烷基化藥物劑量減少，病患將來還是可能發生不孕症。發生不孕症一般可能跟遺傳變異的藥物代謝有關，他研究了214名病患，在小時候曾經接受烷基化藥物cyclophosphamide治療而沒有接受過放射治療者，現在年齡是29.8歲，從診斷到現在追蹤調查一共是21.6年，他將生育功能損害分成正常精子、少精症、無精症三類。無精症就是完全沒有精子存在；少精症就是每西西少於1500萬個精子；以上才叫正常的精子。如果劑量少於4000 mg/m²，無精症8.6%，少精症86.6%；如果劑量在4000～8000 mg/m²，無精症23.2%，少精症32.9%；如果劑量在大於8000 mg/m²，無精症34%，少精症29.9%。也就是說超過4000 mg/m²，每1000 mg/m²會增加無精症22%及少精症14%。所以在青春期前就使用烷基化藥物治療的病患要特別注意傷害精子的問題，是不是有其他藥物可以取代烷基化藥物，而青春期以後的病患可以將精子儲存起來。