在2000年的時候美國醫學學會曾經建議美國政府不要使用含有抗生素的消毒肥皂，他們的建議是使用消毒肥皂雖然可以消滅比較弱的細菌，但是反而會留下抵抗力較強的細菌，而且會讓細菌產生抗體。在2013年12月美國FDA也呼籲不要使用抗菌的消毒肥皂，除了會促進抗抗生素的細菌生長之外，在動物實驗上也發現也會攪亂生物體內荷爾蒙。這些含有抗生素的消毒肥皂如果是液體會含有三氯沙，固體會含有三氯卡班，這些會增加抗抗生素的細菌生長，而且也會產生非預期的荷爾蒙影響。雖然目前還沒確定這些對人體是否有相同的不良反應，應該還需要做進一步的研究才能證實，不過FDA認為不要使用含有抗生素的消毒肥皂，以免增加抗藥性的細菌生長。例如醫院裡護士與醫生為病患清潔安全衛生都使用消毒水洗手，因為抗藥性的消毒肥皂不只包括消毒水，也包含漱口水、抗生素乳液等，對一般人使用可能沒有必要性，但是對病患是否也一定要使用呢？這是一個值得探討的問題，因為也發現有一些醫護人員甚至他們家屬細菌感染後往往對一般抗生素治療效果會比較差，必須使用新的抗生素才能獲得比較好的療效。