甲狀腺癌治療是治癒率很高的疾病，但有部分病人要注意會引發第二次的癌症。原因可能是這些病人發病時較年輕，有遺傳致癌因子，或是否與治療的其他因子有關，目前沒有定論。增加此危險性有關的可能性完全依據流行病學的調查有關。

英國愛丁堡西部總醫院Strachan醫師所做的大型研究報告，追蹤3萬9千名得過甲狀腺癌的病人，女性佔74%、年齡在56歲以下佔57%，其中40%都是乳突狀細胞癌，經過長期追蹤發現他們得到第二種癌症的機會比一般人高，而且最容易發生在診斷甲狀腺癌後的第二年，其中依照西方的標準最先得到的癌症常見的是皮膚癌、攝護腺癌、腎臟癌、腎上腺癌、非何杰金氏淋巴瘤等，長期追蹤後也發現這些病人有增加罹患小腸癌、大腸直腸癌、乳癌的機率。Strachan研究小組也注意到這些會引起第二種癌症原因可能是基因方面、荷爾蒙或環境所造成的因素讓甲狀腺癌的病人引發其他癌症。但到目前為止都是流行病學證據而已，需要長期研究才知道結論，無論如何得到甲狀腺癌的病患還是需要長期追蹤定期作檢查