一般人在聽到化學治療的副作用時，想到的多半是噁心、嘔吐、掉頭髮等，但在臨床上腹瀉也是一種常見且可能相當令人困擾的副作用。癌症本身和治療癌症的方法都可能引起腹瀉。治療所引起的腹瀉，有多種不同的機轉，如化學治療的藥物，可以直接刺激或傷害腸道粘膜上的隱隙細胞或絨毛細胞，放射治療則可能傷害大、小腸的粘膜，進而引起分泌型的腹瀉；骨髓移植後的移植物對抗宿主疾病(GVHD)及免疫抑制後的感染等，也是常見的腹瀉原因。而在上述情況同時存在時，就更容易引起嚴重，甚至危及生命安全的腹瀉了。

美國國家癌病研究院 ( NCI ) 把上述的腹瀉分成四級：０級為沒有腹瀉或增加大便的次數；１級為每天比治療前的排便次數增加不到四次；２級是每天排便次數增加四次～六次；３級是大便次數增加七次以上；４級是生理狀況惡化至要加強照護，或出現血液動力學的變化。

可能造成腹瀉的化學治療藥物很多，其中研究最多的代表性藥物為 5-Fluorouracil ( 5-FU)，根據美國 Leichman等人發表的一項研究中，因大腸直腸癌接受 5-FU 注射的病人，有26%~43%發生腹瀉，其中以快速注射者較易發生，但第３～４級嚴重腹瀉者大約都在5~6%。

較新的抗癌藥物中，以Irinotecan (CAMPTO)最為有名，此藥被用來治療較嚴重的大腸直腸癌，其可能引起的早發型腹瀉，可達50%（約8%為第３～４級），遲發型更達80% （約30%為第３～４級），所以在接受 Irinotecan 治療的病人必需接受特別的治療前給藥及治療後給藥以為預防。另外一種抗癌藥Topotecan（治療卵巢癌及小細胞肺癌），也會引起32%病人發生腹瀉（４%為嚴重型）。

在化學治療中，若合併使用其他藥物，以增加抗癌療效時，也可能同時增加腹瀉的可能，如5-FU合併使用 leucovorin就是最好的例子。Poon 等人在1989年報告，合併使用5-FU及leucovorin，雖然沒有增加嚴重型的腹瀉（都在10%左右），但整體腹瀉的情況比單獨使用5-FU要增加約20%。

放射治療（特別是骨盆腔的放射治療）常造成急性腹瀉，如果再合併5-FU 的注射（同步放射／化學治療，用於直腸癌）則所可能造成的急性腹瀉比單獨接受放射治療者增加達30%以上，其中嚴重型腹瀉更由 4% 增加至22% 。

對癌症治療所引起急性腹瀉的處置，可分為藥物及非藥物兩大類。一般而言，非藥物性的處置包括：避免特殊可以引起腹瀉的食物及藥物（酒、咖啡、含牛奶品、高脂、高纖、橘子或黑棗汁及辛辣食品等）、少量多餐以及水分補充等。藥物處置方式則包含類鴉片製劑（如loperamide或dipheoxylate）；以及Octreotide（必要時）。

一般嚴重型腹瀉時，除了注意食物的種類外，常常需要加上藥物的治療，如loperamide（Imodium）便是台灣最常用的止瀉劑。另外在歐美常用的Octreotide也一種非常有效的預防及治療藥物，特別是骨盆腔放射線治療引起的嚴重腹瀉，但是此藥物價格昂貴，健保也尚未給付，所以一般使用較少。