所以腸胃道裡面健康的細菌對人體健康非常重要，因為這些微生物可以幫助人體對食物的消化，也跟壓抑、悲觀的心理因子也有相關。接受免疫治療時，最好能保持腸胃道裡健康的微生物，要維持這些，就必須改變飲食習慣、不必要時避免使用抗生素，甚至是可以服用益生菌。國外曾經有一些案例有人常常腸胃道不適，一天可能拉好幾次肚子，利用健康人的糞便的腸胃道微生物移植到病人上可改善拉肚子的情形，這也證明健康的腸胃道微生物對人體來說很重要。

很多的科學家都希望找到新的方式能夠提高癌症療效，現在在臨床上已經有一些試驗，免疫治療病患的反應率約在20到30%，最近法國Gustave Roussy癌症醫學中心曾經研究200名使用PD-1免疫抑制劑病患來治療肺癌、腎臟癌、膀胱癌，結果因為病患有尿道發炎或口腔、牙齒發炎等而使用抗生素，這些病患的預後非常不好，抗生素會將腸胃道裡健康的微生物破壞，導致免疫治療的療效變差。另外美國MD Anderson癌症中心的Wargo醫師所作的研究也發現免疫治療使用在惡性黑色素瘤會根據腸胃道的細菌不同而會有影響。

由此也證明腸胃道的微生物的確影響了免疫治療的療效，台灣民眾喜歡要求醫師給予抗生素，但是抗生素可能會破壞正常細菌，讓癌症或一般治療的療效降低，得不償失。