台灣是B型肝炎跟C型肝炎的流行地區，最近的兩篇研究發現使用直接作用的C型肝炎抗病毒疫苗治療會導致病患發生肝癌，因此使用該疫苗時應該特別小心及謹慎追蹤。

最近的義大利報告Brillanti醫師所發表的報告，一共研究344名罹患C型肝炎並帶有肝硬化的病患，平均年齡是63歲，利用一到兩次「直接作用的抗病毒疫苗」，結果24週的追蹤發現有人呈現為肝癌。這344名病患中237名是C型肝炎基因型1，191名以前曾經接受抗病毒疫苗治療，59名以前曾經罹患肝癌但完全治療成功。結果發現344名中有26名（7.6%）接受抗病毒疫苗後在短時間內被診斷為肝癌，59名肝癌治療成功的病患中又有17名又發現肝癌復發，285名沒有罹患肝癌者中有3.2%被診斷為肝癌。這些接受直接作用的抗病毒疫苗後被診斷出肝癌的病患都是比較年輕、以前有接受治療的經驗、肝臟纖維化比較嚴重者，Child-Pugh分級是屬於B，肝臟硬度嚴重及血小板較少者比較容易發生。在另外一篇西班牙的研究是包含58名C型肝炎病毒的肝癌病患，接受「直接作用的抗病毒疫苗」治療，經過5.7個月的追蹤發現27.6%的病患復發，平均時間是3.5個月，這些疫苗在12個禮拜內對97.5%的病患有效。為什麼注射「接受直接作用的抗C型肝炎病毒疫苗」治療會很快發生肝癌，義大利的Brillanti醫師認為應該不是這種藥所引起肝癌，而是病患本身已經有肝癌病毒的群組，所以接受這種藥物治療會速生長，他認為注射抗病毒疫苗還是有益，不應該讓病人停止使用。使用抗病毒疫苗時應該特別小心，有些少數病患接受治療時會發展成肝癌，如果早期發現可以利用外科手術馬上治療。