胃腸道間質瘤在還沒發現藥物可治療時只有外科手術可以治療，後來發現胃腸道間質瘤是由KIT基因突變所引起，目前已有很好的標靶治療藥物可以治療，如果用在早期癌症的輔助療法可以延長病患的生命，甚至可以治癒，但是現在也發現一些問題，就是胃腸道間質瘤常伴有其他的癌症。這是加州Sicklick醫師做的研究報告，發現研究人員發現比起一般人，44%的GISTs患者更容易在GIST診斷前發現罹患其它癌症，66%的GISTs患者是在診斷後罹患其它癌症，在診斷前跟診斷後都發生的癌症包括：肉瘤，非何杰金氏淋巴瘤，神經內分泌類癌、大腸腺癌；在被診斷前是：食道癌、膀胱癌、惡性黑色素瘤、前列腺癌；在被診斷後：卵巢癌、小腸腺癌、腎臟癌、肝膽癌症、胃癌、胰臟癌、子宮癌、非小細胞細胞肺癌等。他們的分析發現如果GIST腫塊小於10公分會比大於10公分的更容易發生癌症，小於2公分發生其他癌症的機率更大。台灣以前診斷GIST非常少，但是知道GIST是由KIT基因突變引起後，目前惡性的肉瘤都會檢測KIT基因是否異常，所以病例數增加很多。由於GIST手術後的標靶治療預後很好，但是由這篇研究來看GIST會伴有其他癌症的風險，所以必須好好追蹤這些病患，長期的監測。