大腸癌與腸胃道裡微生物的關係很少有相關研究，到底這些腸胃道裡的微生物在癌症發生的扮演什麼角色是值得探討的問題。最近美國紐約大學醫學院的Jiyoung博士研究報告發現大腸癌病患的腸道內微生物多樣性比較少，而且在微生物的分類組成上有些微生物是會增加大腸癌風險。他研究了47名大腸癌病患以及94名正常人當作控制組，檢查這些人糞便裡細菌的DNA。結果發現大腸癌病患微生物多樣性比健康人少了很多，將這些細菌再加以分析梭狀芽孢桿菌的比較少，與控制組之比是68.6%比77.8%；但是在革蘭氏陰性桿狀菌，大腸癌病患反而比健康人多，兩者之比是 31.9%比11.7% 。他們也分析了其他菌種，像是革蘭氏陰性桿狀菌就增加了罹患大腸癌4倍的風險，Actinobacteria Atopobium增加了14倍的風險，Bacteriodetes Porphyromonas 增加了5倍的風險，Polyphyromonas是在嘴唇與嘴巴裡面，一般來說與牙周病有關。陽性的Atopobium也發現與克隆氏症有關。大腸癌病患的Bacteroidetes phylum bacteria會增加、厚壁菌與糞球菌會減少。總之大腸癌病患微生物多樣性比較健康人少，這樣的情況是「因」還是「果」目前還不是很清楚，只能知道微生物多樣性減少與大腸癌發生風險是有關係的。