研究背景
急性淋巴性白血病（ALL）的兒童患者，即便接受現行最好的治療，復發率仍高達百分之二十。近來全基因組分析（genome-wide）已於急性淋巴性白血病辨識出高頻率的DNA序列重複數目異常，但這些異常對預後潛在的影響仍待研究。

方法
利用診斷時取得的樣本，以單一核苷酸多型性微陣列（SNP microarray）、基因表現（transcriptional profiling）及重新定序（resequencing）比較會產生ALL的基因突變（PAX5, EBF1, and IKZF1），針對221名高風險兒童進行世代研究（簡稱原始組）。已知具有極高風險ALL子型的兒童個案、嬰兒、或其他對化療無反應的患者，則不列入研究對象（BCR-ABL1–positive ALL, hypodiploid ALL, and ALL in infants）。若有一個重複數目（copy-number）異常就視為不良結果的預測因子（predictor），再用來檢測另一組獨立具有258位病患的世代研究（validation cohort，簡稱驗證組）。

結果
研究發現，在原始組別中，每位患者平均有8.36個重複數目異常，這許多種異常中，有超過五十種異常反覆地出現在樣本中，它們會影響調節B細胞發育的基因，全部共影響了66.8%的原始組患者，其中PAX5基因的各種突變影響了31.7%的病人，而IKZF1基因的受影響則佔病患28.6%。

以IKZF1而言，正常情況下此基因會轉譯出一個淋巴轉錄因子IKAROS蛋白，而患者的IKZF1基因可以是整段缺失、部分外顯子缺失、上游序列缺失、錯義突變（missense）或無意義突變，這些可預期會造成IKAROS蛋白產生功能上的缺陷。而IKAROS蛋白的功能正常情形下是B細胞生成所需的蛋白，當IKAROS蛋白功能異常時，可能是造成淋巴球性白血病的重要致病機轉，整體而言，在66% ALL高風險患者至少都有一個調節B細胞生成的基因發生突變。

用這些異常預測治療結果，追蹤發現原始組內判斷為高風險和低風險的兩群人，十年狀況（events）發生率和復發率都有顯著差異（P=0.0001, 0.0003）。以同樣方法分析驗證組，五年追蹤兩種發生率也都有顯著差異（P<0.0001）。

IKZF1缺失也和BCR-ABL1–陰性的 ALL患者不良預後有關，且經年齡、血球數校正後可知，IKZF1的突變和治療結果的顯著相關性並不受這些因素（年齡、血球數）影響。治療殘餘的病狀程度也和復發率息息相關。觀察病患組中疾病預後較差者的基因表現，可發現造血幹細胞表現增加，調節B細胞系的基因表現減少，這和BCR-ABL1陽性的ALL患者很類似。顯示IKZF1的基因突變（IKAROS蛋白的異常）不論是在BCR-ABL1陽性或陰性的ALL病患都和疾病預後不良有關。