在行人類白血球抗原（HLA）配對後，其他因素如ABO血型相合有助於最佳捐贈者的確定。所以HLA抗原相同的捐贈者可能其ABO抗原和受贈者不同。
因為ABO和HLA基因的位置不同，即ABO基因位置於第九對染色體上，而HLA基因位置於第六對染色體上。捐贈者與受贈者ABO不相合雖不被列為造血祖細胞移植的禁忌症，但移植小組仍需了解ABO不相合移植的危險性，包括急性溶血、遲發性溶血性貧血、紅血球生成開始延緩及純紅血球再生不良症。臍帶血造血祖細胞的ABO配合並不重要，因它並不影響移植的結果。

ABO捐、受二者的不相合性被分為主要側和次要側不配合兩類（major or minor mismatch），這種分類可對造血祖細胞的所有來源做出結論。當受贈者具有對抗捐贈者紅血球抗原的抗體時，被定義為主要側不配合，如B型捐贈者與O型受贈者的案例。當捐贈者血漿含有對抗受贈者紅血球的抗體時，被定義為次要側不配合，如O型捐贈者與B型受贈者的案例。因為臍帶血液缺乏同族血球凝集素（isohemagglutinins），所以次要側不配合不是臍帶血移植的問題。

一、主要側和次要側ABO不配合的不良免疫學影響。主要側ABO不相合性的危險，包括幹細胞植入失敗、紅血球系造血開始遲緩、輸血時的急性溶血、遲發性溶血及可能的混合紅血球嵌合現象等（mixied red cell chimerism）。次要側ABO不相合性的危險，可包括移植物抗宿主病（GVHD）、在輸血時間的免疫性溶血及遲發型免疫性溶血。

二、主要側ABO不配合的溶血危險：捐贈者與受贈者間的主要側ABO不相合性，因為輸注不相合的紅血球，會導致在輸血時間的即發性溶血。已知的骨髓產品含約像全血一樣的相同紅血球濃度（10ml/受者每公斤體重），這使其有足量不相合的紅血球發生急性溶血性反應。和骨髓相比，受過分離術處理的造血祖細胞成分，通常所含的紅血球量少於10-15ml，而不會有溶血的重大危險。

在輸血期間有兩種減少及溶血危險的方法：（1）移除病人的抗體及（2）移除捐贈者骨髓內的紅血球。移除受贈者抗體的程序包括血漿置換、由輸ABO不相合的紅血球在活體內吸附抗A或抗B、或以新鮮冷凍血漿（FFP）在活體內吸附同族血球凝集（isohemagglutinins）。而應用抗-A或抗-B的體外免疫吸附法亦曾有報告。

捐贈者骨髓紅血球減除術是預防骨髓移植後急性溶血的另一策略。這類減除術策略包括加入HES後的重力沉降法或應用細胞分離儀器。有些研究顯示，在接受紅血球減除術骨髓的病人，需要紅血球輸血的時間要比血漿交換準備移植的病人為長。其他學者也指出，對抗捐贈者紅血球的抗-A同族凝集素消失的速率和純紅血球再生不良之間具有相關性。具有低同族凝集素效價（IgM或IgG效價 1：16或以下）的病人，通常可安全的接受未處裡的骨髓。

三、次要側ABO不配合的溶血危險：接受次要側ABO不合移植的病人，立即的溶血危險是來自骨髓不相合血漿的輸注。溶血反應的危險，端視受贈者同族凝集素的容積和效價而定。接受次要側ABO不合移植的病人，亦感受遲發性但重大溶血的危險，係因含於移植物中活的捐贈者淋巴細胞所致。這些淋巴細胞或“過客B淋巴細胞”（passenger B lymphocytes），能產生足夠濃度的同族凝集素，使移植後7-14天的受贈者紅血球發生溶解。這種遲發性的溶血最有可能發生在A型患者接受來自O型捐贈者的紅血球。或許是A或B抗原吸附在血球的細胞膜上所致。

藉離心作用減除次要側ABO不合成份的血漿，是減少溶血危險的方法之一。此法可被考慮用於較大的血漿量、較高的同族凝集素效價（128或更高）或較小體型的受贈者。

四、ABO不相合性移植-相關的併發症：許多報告包括骨髓植入的時間、排斥的發生率、GVHD的發生率及嚴重度、及病人的存活期，皆與ABO是否相合無關。但其他涉及HPC-M和HPC-A異體移植物的研究，則報告GVHD在接受ABO不相合移植病人的發生率增多。某一研究指出，這種增多限於輕度GVHD，且存活期減短的機率是與雙向ABO不合的HPC-A移植有關，但在次要側或主要側ABO不合性之間並無不同。另一項研究顯示，接受ABO完全相同或ABO不配合的異體移植物的病人，存活期之間沒有統計學上的差異。但用雙方向不相合移植的病人，存活期較差。

五、Rh和非-ABO紅血球抗原不相合性的影響：在造血祖細胞移植後，可能會發生非ABO紅血球抗原的抗體，直接對抗Kidd、MNSs、及Kell紅血球抗原的異體抗體，進而引起骨髓移植後的溶血。有報告指出，免疫溶血的發生是Rh陽性病人（接受Rh陰性捐者的骨髓）的抗-D所引起。在另一報告中，D抗體發生的時間，在移植後可延緩多達12-15個月之久。溶血不是一不良的影響，因為抗-D係在受者的紅血球血型從陽性改變為Rh陰性後發生的。這個研究的學者們相信，輸注的Rh陽性血小板產品，可能在這類案例中有刺激的抗體發生。對非ABO紅血球抗原不相合導致溶血危險的這些病人，建議執行嚴密免疫血液學的監視至為重要。