就女性乳癌而言，雖然在篩檢與早期診斷上已有長足的進步，但大約仍有40%~60%的乳癌病友在診斷時已有腋下淋巴結的轉移，這代表了乳癌細胞已由乳房局部病灶轉移到非乳房組織部位，甚至代表了其他器官也可能已有影像學檢查所無法看到的微小轉移。在過去，這些病患手術後約有50% ~ 70%的機率在10年內發生明顯的遠端轉移因而致命。然而，隨著輔助性化學治療及荷爾蒙治療的進步，已經能抑制或延後此轉移過程的發生。這些效果可以2005年在刺血針（Lancet）雜誌所發表自1985到2000年大型臨床研究的綜合分析結果，做一個簡介：乳癌手術後使用含anthracyclines (即俗稱小紅莓類藥物)的合併處方之輔助性化學治療對小於50歲的病患而言，約可降低38%的死亡率；對於50歲至69歲的病患，則可降低約20%的死亡率。而對乳癌細胞女性荷爾蒙接受體陽性的病患而言，服用5年的tamoxifen可再降低31%的死亡率。所以對荷爾蒙接受體陽性的病患而言，若接受手術後的輔助性化學治療加上荷爾蒙治療，在二者效果相加的情況下，小於50歲的病患死亡率可下降57%，而50至69歲的病患可下降45%。換言之，輔助性化學治療與荷爾蒙治療已使乳癌婦女(特別是對荷爾蒙接受體陽性者)在未來15年的死亡率大約下降了一半。

乳癌疾病的分期，目前國際上所採用的是美國癌症聯合會所制定2002年第6版的分期方式，這個分期系統比前一版(1997年)複雜了許多，很難一語道盡。當然，基本的架構並未改變，仍是依據腫瘤本身的大小及相關情況(簡稱T)，淋巴結是否轉移及嚴重程度(簡稱N) ，及是否有遠處器官的轉移(簡稱M)三者綜合判斷來決定乳癌的期別。其中所提出的重點包括將同側鎖骨上淋巴節的轉移由M1改列至N3；有同側內乳淋巴結轉移但無同側腋下淋巴結轉移則改列N2；將同側鎖骨下淋巴結轉移列為N3。但最重要的改變則是將淋巴結期別依病理報告之結果另作分析，簡稱為pN：pN1係指同側腋下淋巴結1~3顆的轉移，pN2指同側腋下淋巴結4~9顆的轉移，pN3則包括同側腋下淋巴結10顆或以上的轉移。如此的劃分強調了轉移腋下淋巴結的多寡強烈影響了病患的預後；在過去許多以1997年第5版分類的第二期病患，在2002年第6版新的分類法中，常會因為腋下淋巴結轉移的顆數超過4顆而變成第三期。這給予醫師及病患的意義在於：有愈多顆腋下淋巴結轉移的病患，預後會比較不好，也應接受更積極的治療。

乳癌目前被認為是一種十分複雜的疾病，每位病患除了被診斷時的分期不同之外，就是在同樣分期的病患接受了同樣的治療規劃，仍然時常有預後不同的差別。乳癌細胞內的基因變化十分複雜，而且每個病患也往往有很大的不同。隨著分子生物科技的進步，乳癌的研究者已嘗試跳脫傳統的乳癌影像學與病理組織學的分期與分類，進一步以乳癌細胞的基因表現來對乳癌作區分，並試著以此方式預測病患的預後，找出其中重要的預測標記，將來甚至可依此分類來引導醫師及病患採用最為適當的治療。這種乳癌分子生物學分類的方式最常用的工具是所謂的微陣列分析（microarray）。

西元2001年，美國的學者Sorlie發表其運用微陣列分析法來分析乳癌病患基因表現的成果，他發現乳癌的病患其基因表現至少可分為四類，而這種分類的代表性與正確性，也在這幾年的研究中不斷得到確認及肯定。其中第一類稱為管腔細胞A型，第二類稱為管腔細胞B型，第三類稱為HER2陽性型，第四類則稱為底細胞型。預後最好的是第一類，其次是第二類，而第三及第四類則預後比較差。第一、二類是荷爾蒙接受體陽性的類型，病患人數也比較多，約佔60～70﹪。管腔細胞B型的分化比管腔細胞A型為惡性，所以預後較管腔細胞A型為差。將來可能的趨勢是管腔細胞A型的病患乳癌手術後或許只需要荷爾蒙治療，而管腔細胞B型的病患則可能需要合併化學治療及荷爾蒙治療。第三類的HER2陽性型病患的表現典型是HER2蛋白質表現為陽性，荷爾蒙接受體則為陰性（反之，雖然HER2為陽性，但是荷爾蒙接受體也是陽性，則病患多半是屬於管腔細胞型，而非HER2陽性型），這類病患約佔10～20﹪。此類病患的乳癌細胞分化不好，為高惡性度，腋下淋巴結轉移的機會是管腔細胞A型的兩倍。這類病患雖然在傳統的治療下預後不好，但是他們也有二個特性，有可能改善他們的治療效果：第一是他們對anthracycine類（即小紅莓類藥物）及紫杉醇類藥物治療的效果很好，其次是他們可以使用賀癌平（Herceptin）的抗體標靶治療。在這二個前提下，雖然這類病患因為荷爾蒙接受體陰性而不必使用荷爾蒙治療，但我們相信，這類預後本來比較不佳的病患，在經上述兩種方式的補救下，應該會使他們的預後改善許多。第四類是所謂的底細胞型，它之所以被如此命名是因為它的基因表現很像乳腺上皮最底部的肌上皮細胞，這類病患也大約佔10～20﹪。它的典型表現是HER2陰性，但荷爾蒙接受體包括ER（動性素接受體）及PR（黃體素接受體）也均是陰性，所以它有一個別名，稱為『三陰性型』乳癌，而它的細胞分化也趨惡性。研究發現，帶有BRCA1基因突變而發生乳癌的病患，大多是屬於此類。目前的證據推測這類病患有可能是乳癌病患中最不易治療、預後也最不好的一群，這類病患因為荷爾蒙接受體陰性而無法接受賀爾蒙治療，但對anthracycline類及紫杉醇類藥物的治療效果還不錯。

微陣列分析在乳癌病患的臨床運用除了上述的分類之外，目前也已經有一些藉由偵測多種乳癌基因表現的所謂「生物晶片」可以運用在乳癌病患的預後分析上。他們似乎可以解決醫師與病患目前最大的問題：那些腋下淋巴結陰性及荷爾蒙接受體陽性的乳癌病患不必接受化學治療？預期在不久的將來，這類微陣列分析及生物晶片可以協助醫師及病患在下列幾方面作得比現在更好：首先是找出腋下淋巴結陰性的病患之中，那些病患因為復發機會極小而不用接受化學治療。其次是找出對不同病患最有效的治療方式，特別是「量身訂做」的化學治療。再則是再進一步找出可設計標靶治療藥物的乳癌治療標靶。舉例而言，HER2陽性的病患在手術後接受賀癌平治療合併化學治療，她的預後就有可能改善到與HER2陰性的病患一樣，這就是乳癌治療在手術、化學治療、荷爾蒙治療的基礎上，再上層樓的最佳典範。雖然這些分子生物學技術的進展仍大多處於臨床研究階段，但我們相信在不久的將來，它們能夠引導醫師及病患對治療方式的選擇做最正確的判斷。乳癌的病友都能夠有一個不再充滿恐懼的未來，在準確率極高、效果最佳、「量身訂做」的治療方式下，乳癌將和「不治之症」這個名詞永遠告別！