普遍認為喝咖啡的好處有提高認知能力、減緩頭痛、 減少帕金森氏症風險、降低阿茲海默症風險、改善糖尿病病患的胰島素抗性、改善便秘、降低酒精型肝硬化及C肝病毒感染，而且每天喝三杯咖啡甚至可以減少罹患心臟血管疾病風險，每天至少喝5杯咖啡者可以降低憂鬱症、阿茲海默症風險及老人失智症。

2012年的研究發現，喝咖啡的人比不喝咖啡的人死亡風險可以將低10%至15%，而且每天喝咖啡的量控制在四到五杯以內也不會引起心臟血管疾病，喝咖啡越多，死亡風險越低。而每天喝六杯或更多咖啡者，死亡風險也略低於不喝咖啡者，因此喝咖啡是有益的。而一杯咖啡的定義是指227克到283克（約是8到10盎司之間）。

喝咖啡真的喝越多越好嗎？因為歐美，以及南美的巴西等盛產咖啡的國家幾乎是把咖啡當水來喝，會不會因此增加心臟血管疾病發生的風險，尤其是美國的心臟血管疾病發生率佔第一位。

南澳大利亞大學研究員Elina Hyppönen教授及他的同事Ang Zhou博士的研究針對每天喝咖啡量與血漿中脂肪密度的關係，包括低密度是脂蛋白膽固醇、高密度是脂蛋白膽固醇、總膽固醇、三酸甘油酯和載脂蛋白。

研究從英國生物樣本庫裡面找到362571名年齡在37到73歲的參與者，分析參與者每天喝咖啡的量。結果發現每天喝6杯或以上會增加心臟血管疾病的風險，

咖啡會增加心臟血管風險主是在咖啡豆裡面含有以後會使膽固醇上升的化合物如咖啡醇（cafestol）及咖啡豆醇（kahweol），這兩種化合物常見於沒有過濾的咖啡中，用濾紙滴漏做出的咖啡就能過濾掉這兩種化合物，但是用蒸汽加壓咖啡機、法式壓濾壺、及滴濾壺做出來的咖啡中就會含有這兩種化合物。多種咖啡都含有咖啡醇，如法國、土耳其和希臘咖啡，也存在於義式濃縮咖啡如拿鐵和卡布奇諾。

因此研究表型和遺傳分析發現長期大量喝咖啡會造成低密度膽固醇增加，因為膽固醇增加導致心臟血管疾病的風險，因此每天喝咖啡應當有節制，要喝咖啡就喝濾紙濾過的咖啡來減少咖啡醇及咖啡豆醇，尤其本身已經有心臟血管疾病者，就能減少發生嚴重心臟血管疾病的風險。此外也要特別注意，東方人的體重約為西方人的三分之二，可能每天喝4杯咖啡就會增加心臟血管疾病的風險。