以前也有研究指出剖腹產與自然分娩的腸內細菌數不太相同，剖腹產由於腸胃的微生物族群無法來自母親，因此出生後對於外界免疫反應比較不成熟而有缺陷，導致容易產生慢性免疫系統疾病風險，如癌症、類風濕性關節、腹腔疾病及第一型糖尿病，因為腸胃道裡面的細菌數超過身體細胞的10倍至20倍，腸胃道的細菌是身體第二個免疫系統的中樞，是身體很重要的免疫系統，如果嬰兒缺少從母親帶來好的微生物族群，就容易發生這些疾病。

最近芬蘭赫爾辛基大學Korpela 和de Vos醫師利用出生後口服糞便微生物菌群移植（FMT）是否能恢復嬰兒腸道微生物菌群發育，結果得到不錯的成果。

研究招募了17名母親，經過篩選後有10人發現近期曾經使用抗生素或腸胃道裡有潛在危險的微生物，最後只剩7名入選試驗，他們在分娩前3週將母親的糞便加以稀釋，將母親的少量糞便稀釋在母乳中，並在胎兒剛出生後開始餵食，裡面包含數百萬個微生物族群，透過奶瓶餵食及謹慎的健康狀況監測。

研究在四個星期及三個月內進行追蹤，與29個自然分娩的嬰兒及18個未經FMT的剖腹產的嬰兒加以比較，結果發現經過FMT的嬰兒糞便與自然分娩的嬰兒相似，但是與經FMT的剖腹產的嬰兒的菌群不同，而且在7個月的追蹤中，這些嬰兒的健康並沒有不良反應。

因此，新生兒的微生物群取決生產方式，自然分娩與剖腹產的菌群不同，剖腹產的嬰兒比較容易產生慢性免疫疾病，因此可以利用母親糞便菌群移植，讓腸胃道細菌可以跟自然分娩的嬰兒相似，但是因為每個母親的糞便不是每一個人都是健康的，可能有些含有會引發不良反應的微生物族群，如果不利用精密科學分析而直接實施FMT，可能會導致無法預測的風險，因此作者呼籲不要輕易嘗試這種方式，因為這種方式必須經過嚴謹的臨床科學才能進行，否則可能會帶來無法預測的風險。