人體的腸胃裡還有數千億個細菌，有好的厭氧菌，可以增加人體免疫力，具有抗發炎的作用，能減少心臟血管疾病以及糖尿病、帕金森氏症，甚至增加免疫力降低癌症發生的風險，咖啡可能影響腸胃道裡的細菌。

因此該團隊的研究是將34名過去一年中每天喝兩杯或兩杯以上咖啡的受試者利用大腸鏡檢查，來分析腸胃道裡面的細菌，此研究跟以前從分子生物學技術檢查糞便的方法有所不同，是一種比較直接、可靠的檢查方式。

結果發現每天喝喝兩杯或兩杯以上的受試者比起沒有喝咖啡者，大腸內有較多樣化的細菌，細菌種類更豐富，而且在大腸內分佈更均勻，而引起身體代謝不正常的細菌、增加肥胖的細菌反而減少。

因此喝咖啡確實可經由促進身體腸胃道好的細菌增加，減少肥胖、糖尿病、心臟血管疾病及癌症的發生。

但是也有人說他喝咖啡容易過度興奮，導致睡不著，有沒有其他方式可以增加腸胃道內健康的細菌呢？最近研究指出是要盡可能多吃纖維多的蔬菜跟水果，而且新鮮當季的最好，也可以增加多酚含量高的食物攝取，像是橄欖油、芥花油、咖啡、綠茶等的攝取，甚至一些發酵食物如優酪乳、納豆等，此外也要減少過量的糖分攝取，而且要盡可能接觸大自然遠離城市，少吃高熱量食物、避免過量攝取維他命等，就能讓腸胃道裡面的細菌多樣化，增加腸胃道裡有力的健康細菌。