與控制組相比，如果常使用抗生素確實會增加結腸癌風險，而且是近端結腸癌（小腸要進入大腸的近端結腸）最容易發生，但是跟大腸末端直腸癌與控制組相比並沒有增加風險。而且跟抗生素的使用時間有關，如果使用1到15天會增加8%的風險，如果使用超過60天就會增加17%的風險。但是使用超過60天反而減少直腸發生風險，同時研究也發現大腸癌診斷抗生素使用前超過10年會增加結腸癌的風險，小於10年則與使用期無關，抗生素與直腸癌之間也沒有相關性。

也與使用的抗生素種類有關，如果使用青黴素（Penicillins）會增加結腸癌發生風險，因為青黴素有抗厭氧活性，因為體內好的細菌可以增加人體免疫力，它們都在厭氧環境下生存，但是青黴素會破壞這些細菌的生長環境，所以增加結腸癌發生險。直腸癌為什麼能減少發生風險，主要是跟四環黴素有關。

也就是使用何種抗生素與結腸癌或直腸癌發生有關，可能會將好的細菌環境破壞，也可能會把壞的細菌環境破壞，取決結腸跟直腸內細菌的不同。

總之，沒有必要，千萬不要亂用抗生素，因為會增加大腸瘜肉的風險，甚至會增加罹患結腸癌的風險。