從1989年到2012年的23年間有28,980名大罹患腸癌病患，與137,077名沒有罹患大腸癌者當作對照組，評估抗生素與大腸癌的關係。在8.1年的追蹤期內，大腸癌病患與對照組使用過抗生素分別是70%與68.5%，而大腸病患比對照組更可能使用抗生素（71.3% vs. 69.1%），雖然只有2%的差距，但是在統計學上有意義，

而且使用抗厭氧菌抗生素最容易發生，而且發生部位在大腸鏡近端，也就是靠近小腸，使用penicillin會增加結腸癌風險，但是使用scephalosporins、quinolones、macrolides或sulfa/trimethoprim則不會增加風險。但是使用非類固醇的抗發炎藥物就能減少結腸癌的發生。

直腸癌與使用抗生素無關，但是使用超過60天抗生素反而可以減少15%直腸癌的發生率。如果使用抗生素在30天到45天內，超過16天以上，抗生素暴露的量越高，越會增加結腸癌的發生率。但是研究也發現到使用tetracyclines可以降低直腸癌發生率。

主要是因為大腸裡面分為結腸跟直腸，生物的構造不太一樣，而且大腸癌發生與大腸內的細菌有關，使用抗生素可能作用在結腸上半端，把好的細菌殺光，厭氧細菌被殺死，適氧菌這些壞的細菌生長就可能導致大腸癌發生，但是結腸部分發生癌症可能與抗生素無關，因為抗生素到達直腸前就被吸收了。

這個研究特別強調不要常常使用抗生素，而且使用抗生素的時間要盡可能縮短，而且不要使用廣範圍的抗生素，而是針對某種細菌使用專一特效性抗生素，才能減少罹患結腸癌的風險 。