HPV疫苗在美國及台灣政府都在推展年輕女性、甚至是男性使用，因為子宮頸癌發生率很高，因為疫苗可以預防子宮頸部的息肉生長，間接的預防子宮頸癌發生，也鼓勵男性接受HPV疫苗注射以減少HPV感染，尤其是美國大力推薦給年輕女性HPV疫苗的療效，但是日本厚生省公布決定撤回女性使用HPV疫苗的推薦，主要是因為發現使用這項疫苗後有少部分女性產生不良的嚴重反應。到2012年12月為止有829萬女性接受HPV疫苗，結果有1968名發生不良反應，到2013年3月為止有嚴重不良反應者有106名，這些不良反應包括疼痛、身體抽搐、關節疼痛、無法走路，根據推算每一百萬有12.8人有不良嚴重反應，流行性感冒疫苗每一百萬人才0.9人，小兒麻痺疫苗才2.1人，除了比日本腦炎疫苗每一百萬人有26人低之外，比起其他疫苗來說，HPV疫苗產生的不良反應比率太高，產生的不良反應不是局部而是全身性，所以日本政府決定撤回年輕女性使用HPV疫苗，要不要接受疫苗由父母親來決定。但是根據美國的注射報告29,323人只有0.04人產生全身不良反應。現在在日本使用的HPV疫苗只有兩家，一家是Gardasil產生的不良反應如上面所述，另一家是 Cervarix，在美國報告產生的不良反應在16,381 名女性中高達5.3%，而日本這兩種疫苗都有使用。美國推薦使用疫苗的原因是注射後可以減少56%HVP感染。台灣目前年輕女性已經可以接受免費HPV疫苗注射，雖然嚴重不良反應發生率很少，但是還是要特別注意。